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管坤良主要从事细胞生长调控和发生的信号转导方面的研究。在博士后期间，他发现了双特异性蛋白磷酸酶家族和生物催化中的新型硫代磷酸盐中间体，其实验室的早期工作克隆了人类MEK1/2并阐明了MEK的激活机制。过去二十年来，管坤良重点关注mTOR和Hippo通路，在建立mTORC1信号传导网络方面做出了重要贡献，包括在生长因子、营养和能量应答中鉴定了TSC1/2-Rheb、Rag和AMPK作为mTORC1的上游调控因子，以及阐明ULK1和VPS34作为mTORC1在自噬中的下游效应分子。

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